تنوع ژنتیکی جدایه‌های مختلف نوکلئوپلی هیدروویروس(HaNPV) در استان‌های مازندران و گلستان با استفاده از نشانگر مولکولی RAPD.

نوع مقاله : مقاله پژوهشی

نویسندگان

1 محققین مرکز تحقیقات و آموزش توتون تیرتاش، بهشهر، مازندران، ایران

2 محققین مرکز تحقیقات و آموزش توتون تیرتاش، بهشهر، ایران

چکیده

کرم غنچه‌ توتون (Helicoverpa armigera) یکی ‌از آفات مهم و‌ کلیدی مزارع توتون محسوب می­‌شود. ویروس چند وجهی هسته­ای (Nucleopolyhedrovirus) یکی از عوامل مهم کنترل بیولوژیک علیه کرم غنچه و تعدادی از گونه­های دیگر می‌­باشد. این تحقیق با هدف بررسی تنوع ژنتیکی جدایه­های مختلف نوکلئوپلی هیدروویروس در 16 جمعیت طبیعی استان­های مازندران و گلستان انجام شد. نمونه­های کـرم غنچـه توتون آلـوده به ویروس از مزارع توتون در استان­های مازندران و گلستان جمع­آوری شدند. خالص­سازی ویروس و استخراج DNA با استفاده از روش CTAB انجام شد. در آزمون نشانگر­های RAPD ابتدا از ده جفت آغازگر جهت تکثیر DNA ویروس NPV استفاده گردید که از بین آن­ها دو جفت آغازگر که بیش­ترین پلی­مورفیسم را داشتند، انتخاب شدند. این دو جفت آغازگر روی 16 نمونه DNA مربوط به جدایه­های مناطق جغرافیایی مختلـف بررسی شدند. دو جفت آغـازگر مورد استفـاده همگـی نـوار­های قابل کد­گذاری ایجاد کردند. پس از الکتروفورز محصولات PCR، در مجموع تعداد 87 باند قابل امتیاز­دهی به دست آمد که از بین آن­ها، 75 باند (86 درصد) دارای چند­شکلی بودند. تجزیه و تحلیل داده­ها با استفاده از نرم افزارPyElph  انجام شد. پس از گروه­بندی جمعیت­ها با روش UPGMA در فاصله ژنتیکی 20، پنج شاخه اصلی مشاهده شد که این بیانگر وجود تنوع ژنتیکی میان جدایه­های مورد بررسی بود، ولی این تنوع ژنتیکی با توزیع جغرافیایی جدایه­ها مطابقت زیادی نداشت. با مبنا قرار دادن نشانگرRAPD جدایه­هایی از نوکلئوپلی هیدروویروس با بیش­ترین قرابت ژنتیکی در یک خوشه ژنی قرار گرفتند و بیش­ترین شباهت را نشان دادند. نتایج ثابت کرد که بین جدایه­های مطالعه شده تنوع خوبی وجود داشت که جهت برنامه­های به نژادی و همچنین کنترل بیولوژیک می­توان از آن­ها استفاده نمود.
 

کلیدواژه‌ها


عنوان مقاله [English]

Genetic diversity among the different isolates of Nucleopolyhedrovirus in Mazandaran and Golestan provinces using RAPD molecular marker

نویسندگان [English]

  • Marzieh Shazdehahmadi 1
  • Hoda Assemi 2
  • Zein-Al-Abedin Shahadatimoghadam 2
  • Seyed Afshin Sajjadi 2
1 Researchers, Tirtash Tobacco Research & Education Center, Behshahr, Mazandaran، Iran
2 Researchers of Tirtash Tobacco Research and Education Center, Behshahr, Iran
چکیده [English]

Tobacco budworm (Helicoverpa armigera) is one of the key pests of tobacco farms. Nucleopolyhedrovirus is one of the most important biological control agents of budworm and a number of other species. In this study the genetic diversity of different isolates of Nucleopolyhedrovirus belonging to 16 natural populations in Mazandaran and Golestan  provinces, were investigated. The tobacco budworm samples were collected from tobacco fields and transferred to biotechnology Laboratory of Tirtash Research and Education Center. Purification of NPV virus and DNA extraction was done using CTAB method. Among ten pair of primers which we used for amplification of NPV, two pair of RAPD primers that showed the highest Polymorphism were selected. Sixteen DNA samples isolated from different geographical regions of Golestan and Mazandaran provinces were checked with these selected RAPD primers and they created countable bands. Totally, 87 Countable bands were generated following the PCR products. Among them,75 bands(86%) were polymorphic. Data analysis was done using the PyElph Software. Population grouping using UPGMA method based on genetic distance of 20, revealed five major clusters. Using the underlying RAPD marker, the isolates of Nucleopolyhedrovirus were in a one gene cluster, showed the greatest genetic affinity.

کلیدواژه‌ها [English]

  • Tobacco bud worm
  • genetic diversity
  • RAPD marker
  • NPV